La guerra dels Trenta Anys es prolongà entre França i la monarquia hispànica fins el 1659 (Tractat dels Pirineus). Amb aquest tractat, que no va ser consultat a les Corts catalanes, Felip IV de Castella i Catalunya-Aragó va cedir a França, entre d’altres coses, les comarques del Rosselló, el Conflent, el Vallespir el Capcir i la meitat de la Cerdanya. El manteniment de Llívia al Principat es degut a què l’acord marcava la cessió de 33 pobles de la Cerdanya i Llívia era una vila.
Les autoritats catalanes mai no acceptaren una partició feta contra les constitucions catalanes i continuaren considerant incloses dins el Principat les comarques perdudes. El 1702 les corts foren oficialment assabentades del tractat, sense ratificar-lo però donant-lo per fet. Per la banda rossellonesa, la integració a França fou resistida amb intensitat; els primers cinquanta anys de domini francès -que no hi respectà cap dels drets ni constitucions catalanes i cercà de francesitzar el país al màxim- foren plens de conspiracions antifranceses per tal d’assolir la seva reincorporació al Principat.
